W przebiegu cyklu miesiączkowego wyróżnia się cztery etapy fizjologicznych przemian podbudowanych czynnością hormonalna przysadki mózgowej i jajników.
Faza pierwsza – krwawienie
Zaczyna się pierwszego dnia miesiączki. Tuż przed jej rozpoczęciem zmniejsza się ilość dostarczanego tlenu do błony śluzowej macicy, w wyniku czego jej tkanki obumierają. Pod wpływem hormonów otwierają się wcześniej obkurczone tętnice, a naczynia krwionośne pękają pod naporem krwi. Oddzielone tkanki wraz z wydzieliną gruczołów zostają wydalone na zewnątrz. Średnio dorosła kobieta traci 35 ml krwi i 35 ml płynu surowiczego w trakcie miesiączki. W tym czasie przysadka mózgowa wydziela hormon stymulujący pęcherzyki jajnikowe do wzrostu, tzw. FSH (folikulostymulinę).
Faza druga – przedowulacyjna (folikularna)
Rozpoczyna się wraz z końcem krwawienia i trwa do owulacji. Za jej prawidłowy przebieg odpowiada podaż folikulostymuliny, która pobudza wydzielanie hormonów przez jajniki oraz jest odpowiedzialna za jajeczkowanie. W tej fazie dochodzi do intensywnych podziałów komórkowych w obrębie błony śluzowej, która pogrubia się prawie czterokrotnie i wysyca naczyniami krwionośnymi i gruczołami. Jest za to odpowiedzialny podniesiony poziom kobiecego hormonu – estradiolu (z grupy estrogenów). Jego zwiększona podaż ma wpływ na wytwarzanie śluzu przez szyjkę macicy, a także na przysadkę mózgową, która wydziela hormon luteinizujący. Właśnie on wraz z folikulostymuliną jest odpowiedzialny z dojrzewanie pęcherzyka jajnikowego i uwolnienie komórki jajowej.
Faza trzecia – owulacja (jajeczkowanie)
Trwa 24 godziny i obejmuje czas życia komórki jajowej od jej uwolnienia do obumarcia (bądź zapłodnienia). Estradiol produkowany przez jajniki podbudza szyjkę macicy do wydzielania przejrzystego i gęstego śluzu, który jest jednym z widocznych objawów płodności. Odgrywa on zasadniczą rolę w utrzymaniu żywotności plemników, ponieważ zmienia środowisko pochwy na zasadowe. W takich warunkach męskie komórki rozrodcze mają możliwość życia przez 72 godziny. W czasie pozostałych faz cyklu pochwa ma odczyn kwaśny pod wpływem naturalnej flory bakteryjnej, którą w przeważającej części tworzą pałeczki kwasu mlekowego. Uniemożliwiają one rozwój patogennych drobnoustrojów. Płodny śluz odżywia plemniki i ułatwia im pokonanie drogi z przedsionka pochwy do jajowodu, wychwytując te, które są niepełnowartościowe.
Faza czwarta – poowulacyjna (lutealna)
Trwa od owulacji do wystąpienia krwawienia rozpoczynającego kolejny cykl miesiączkowy. Zaraz po uwolnieniu komórki jajowej pęcherzyk, który opuściła, wypełnia się krwią, a następnie wysyca komórkami bogatymi w lipidy. Od tej pory pełni funkcję gruczołu dokrewnego, produkując hormony – jest to ciałko żółte. Błona śluzowa macicy staje się bardziej obrzmiała i mocniej unaczyniona przygotowując się na przyjęcie zarodka. Gruczoły śluzowe pod wpływem estrogenów i progesteronu produkowanego przez całko żółte zaczynają wydzielać wzmożoną ilość przejrzystego płynu bogatego w składniki odżywcze. Progesteron wpływa także na zmianę charakteru śluzu szyjkowego i podnosi temperaturę ciała. Jeśli nie doszło do zapłodnienia, ciałko żółte zanika, a wraz z nim gwałtownie spada stężenie hormonów, rozpoczynając obumieranie śluzówki. Prawdopodobnie za martwicę naczyń krwionośnych odpowiedzialne jest także duże wytwarzanie prostaglandyn. Gdy dochodzi do zapłodnienia, błony otaczające zarodek zaczynają wytwarzać hormon HCG (ludzką gonadotropinę kosmówkową), który utrzymuje pracę ciałka żółtego aż do 12. tygodnia ciąży, kiedy powstanie łożysko. Właśnie on jest pierwszym chemicznym objawem poczęcia, ponieważ organizm wydala go w moczu – jego obecność rejestrują testy ciążowe.